O problema é que o piso de baixo é madeira natural que "respira", ou pelo menos precisa de respirar. Como colocaram uma "tampa" por cima a madeira apodreceu.

Solução? Retirar a madeira toda e colocar novo piso, possivelmente terá de levar uma betonilha de regularização e posteriormente o revestimento final (flutuante, cerâmica, vinil, etc...), ou então colocar um soalho novo.